基本概念、定义多：每年均有几题单纯考概念，如基因启动子、基因组、冈崎片段等，但整个分子生物学的各种概念太多，不容易把握。

　　原理、反应过程复杂：分子生物学中各种原理及生化反应比较复杂，考生多来自医院从事临床工作，对于非分子生物学专业的学生基本未接触过这方面的实践，所以单靠书本知识不容易掌握。

　　知识点分散：分子生物学各知识点细而杂乱，如20种氨基酸中每种氨基酸都有其特异的考法。记忆繁杂而易混乱(特别是DNA、RNA部分，单独其复制中的酶就会被绕晕)

　　重难点不易分辨：虽然有大纲，但是太笼统、范围太大，考生很难从大纲中找出重点、考点。同时也不容易在教材中理出重点或考点。

　　复习方法不易掌握、复习难以坚持：因分子生物学的知识抽象而复杂，多数考生在大学期间就没有好的学习方法。因方法不对，学习效率低，起效慢;多数考生不能坚持甚至选择放弃。